Muestra de su mayor peso en el equipo, la temporada 2008/09 fue elegido cuarto capitán, por detrás de Carles Puyol, Xavi Hernández y Víctor Valdés. El 12 de enero de 2009 se hizo pública la lista final del Jugador Mundial de la FIFA 2008 en la que Iniesta figuraba como noveno mejor jugador del año.
El 6 de mayo de 2009 Iniesta marcó uno de los goles más importantes de su carrera hasta ese momento, el que clasificó al F. C. Barcelona para la final de la Liga de Campeones. Sucedió en el estadio Stamford Bridge de Londres contra el Chelsea F. C., que iba ganando por 1 a 0. El gol de Iniesta, en el minuto 93, supuso el empate del partido y decantó la eliminatoria a favor del Barça por gol de visitante. El 27 de mayo Iniesta fue titular en la final de la Champions League, asistiendo a Samuel Eto'o en el primer gol en la que fue su segunda Champions League.
El 18 de octubre, Iniesta fue incluido en una lista de 30 candidatos para el prestigioso Balón de Oro, dado el mejor jugador del año en Europa, junto con sus compañeros de equipo Xavi y Lionel Messi y sus excompañeros Thierry Henry, Yaya Touré, Zlatan Ibrahimović, y el ex delantero del Chelsea Samuel Eto'o. Andrés fue uno de los cinco nominados para el Jugador Mundial del Año junto sus compañeros de equipo Lionel Messi y Xavi Hernández. Orgulloso de la nominación, comentó que "los aficionados del equipo que siempre han estado ahí para apoyar nuestro compañeros de equipo también merecen ser reconocidos". La ceremonia se celebró en Zúrich y su compañero de equipo Lionel Messi se llevó el premio. Iniesta colocó quinto con 134 votos. Marcó su primer gol en la temporada ante el Racing de Santander en la victoria por 4-0. La temporada 2009-10 de Iniesta fue interrumpida en gran parte por las lesiones recurrentes. Se perdió el entrenamiento físico de pretemporada debido a la rotura del muslo sufrida en la final de la Champions League 2009, y esto significaba que a pesar de que jugó en casi tantos partidos como la temporada anterior, lo hizo todo como un sustituto, a partir de tan sólo 20 juegos completos. Sin embargo, Barcelona, una vez más ganó el título de Liga, asegurando un registro de 99 puntos. Su temporada llegó a su fin después de que se resintió de una lesión en la pantorrilla anterior durante el entrenamiento.
El 12 de enero de 2011 se entregó el premio FIFA Balón de Oro 2010, en el que Iniesta fue el segundo clasificado, por detrás de Lionel Messi y fue incluido en el once ideal. Aquella temporada acabaría ganando su quinta Liga española y su tercera Liga de Campeones con el Barcelona.
El 25 de mayo de 2012 conquista su segunda Copa del Rey como jugador del Fútbol Club Barcelona.
El 30 de agosto de 2012 fue elegido mejor jugador de Europa de la UEFA de la temporada 2011/12, imponiéndose por delante de Lionel Messi y Cristiano Ronaldo.
El 19 de diciembre de 2013 renovó con el F. C. Barcelona prolongando su contrato hasta 2018.
Iniesta capitaneó con regularidad en Barcelona a lo largo de la segunda temporada ganadora del club, anotando tres veces durante la campaña de Copa del Rey del equipo.
A partir de la temporada 2015-2016 Iniesta pasó a ser el primer capitán del F. C. Barcelona
Iniesta comienza la temporada ganando la Supercopa de Europa 2015 frente al Sevilla FC por 5-4, siendo este el vigésimo-octavo (28) trofeo que levanta el jugador manchego, y el primero que levanta como capitán del Barcelona.
Destacan actuaciones como en el Clásico vs Real Madrid en el cuál marcó el 0-3 en el Estadio Santiago Bernabéu, el cuál fue su primer Clásico como capitán, y la cual fue su primer victoria como Capitán en un Clásico.
El 20 de diciembre de 2015, gana la Copa Mundial de Clubes después de la victoria por 3-0 del FC Barcelona frente a River Plate de Argentina, levantando su vigésimo-noveno trofeo oficial y el segundo como capitán del Barcelona
